Si bien se tiene constancia de restos prehistóricos de finales del Neolítico en el actual término de Bastia, no es hasta la llegada de los romanos a la isla de Córcega cuando éstos fundaron el asentamiento de Mantinum, el cual fue destruído durante las invasiones de los vándalos y desocupado hasta varios cientos de años después.
En el siglo XI, pescadores de la zona edifican una pequeña aldea, llamada Cardo, que más tarde, a finales del siglo XIV, sería absorbida por los genoveses. De esta época data la ciudadela que da nombre a la ciudad, la bastiglia, que el gobernador genovés Leonello Lomellino mandó construir en 1378 para controlar la zona desde la parte alta de la actual ciudad y harto de los asaltos que se habían sucedido en su anterior residencia, en Biguglia. Esa fecha se tiene como la de la fundación de Bastia. A partir de entonces, al terreno cercano a la fortaleza se le llama Terra Nova ("Tierra Nueva", en corso), mientras que a la zona de Cardo comenzó a conocérsela como Terra Vecchia ("Tierra Vieja", en corso).
En los años posteriores, ya trasladada la residencia de los gobernadores a Bastia, se construyen las murallas que rodean la ciudadela, hasta acabarlas en 1480, y el palacio, en 1530. Estas construcciones, dada su importancia, obligaban a que Bastia aumentara su población, por lo que el gobernador de entonces decretó una exención de impuestos, que funcionó, para que aumentara el número de habitantes del nuevo poblado. Con ello, la ciudad se desarrolló conforme a un plan de urbanismo de tipo genovés: Calles rectas y diversos edificios religiosos en distintos puntos de la ciudad que servirían como refugios en caso de ataque.
Ya en el siglo XVIII, son varias las revueltas que se producen entre los genoveses y los corsos: Entre 1729 y 1745, la ciudad pasa de manos de unos a otros contendientes, hasta que en ese último año son los ingleses los que, en colaboración con Génova, devuelven la ciudad a sus éstos. De todas formas, no es hasta 1768 cuando se produce la toma francesa de la ciudad, cuando los mismos genoveses, hartos de no poder controlar las revueltas de la isla, la ceden a los galos. Aun así, la revuelta que tiene lugar en 1794 es considerada la más importante: Pasquale Paoli, considerado el fundador del nacionalismo corso, en colaboración con la armada inglesa, "conquista" la isla y la cede a los ingleses, quienes crean el reino anglo-corso, el cual dura sólo hasta 1796.
