Los romanos de la Antigua Roma construyeron un puente sobre el río Rin alrededor del año 10 adC cerca de un lugar llamado Bonna. Se cree que dicho lugar pudo ser creado con anterioridad por los celtas en cuya lengua bonna significa ciudad. Después de la batalla librada en el año 9 A.C por los romanos, fue transformada en un fuerte que albergaba 7.000 legionarios.
El asentamiento romano de Castra Bonnensia -importante en la defensa limítrofe del imperio- dio origen a la ciudad, que desde el siglo XIII hasta fines del XVIII perteneció al territorio de los príncipes electores y los arzobispos de Colonia. La herencia de aquella época de grandeza ha quedado en sus edificios de estilo barroco, como la sede principal de la universidad y el palacio de Poppelsdorf, y en las casonas de finales del siglo XIX y las de estilo art nouveau.
Capital de la RFA hasta 1990, (año en que sucedió la unificación de las dos Alemanias), edificada en la villa del Rin, unos 30 km al sureste de Colonia. Antes de 1945, Bonn era una ciudad con una bien acreditada universidad y asiento del palacio barroco de los arzobispos-electores de Colonial. El último de ellos entusiasta de la música, tenía un organista que fue padre del compositor Ludwig von Beethoven (1770-1827). El lugar donde nació este último en Bonngasse, es ahora un museo.
La destrucción de Berlín y la división de Alemania tras el final de la Segunda Guerra Mundial condujo en 1949 a elegir a Bonn como nueva capital en detrimento de la también candidata Fráncfort del Meno. El Parlamento de Alemania Occidental se instaló en una nueva Bundeshaus, que antes había sido escuela normal para maestros. Los diplomáticos se distribuyeron por el valle del Rin hasta más allá de la cercana Bad Godesberg, antigua población con fuentes termales.
En 1969 Bonn se anexiona los pueblos Bad Gobesberg y Beuel.
Después de la reunificación, Berlín volvió a ser la capital de la única Alemania y Bonn pasó a la historia como la capital del país durante la etapa de la división.
A pesar de no ser capital del estado, Bonn conserva su personalidad política y diplomática. En la actualidad es sede de estamentos de la ONU y en 1999 durante la presidencia alemana del Consejo de la Unión Europea, Bonn acogió tres importantes cumbres de la Unión Europea (UE) que trataron sobre las relaciones políticas y comerciales con Japón, Canadá y EEUU.
