Se han encontrado armas y herramientas de sílex del período neolítico. Se sabe de la existencia de este asentamiento desde muy antiguo. Durante la Edad Media perteneció a los señores de Livry, aunque pertenecía a la Abadía. Bajo el reinado de Felipe IV de Francia, éste expulsa a los templarios, que tenían un puesto de mando en la ruta de Coubron y se apropia de sus bienes. En esta época se desarrolla la peregrinación al manantial en el que se había producido un milagro atribuíod a la Virgen dos siglos antes. La ciudad pasó a pertenecer a la Orden de Malta. Durante el Siglo XVI fue lugar de caza real. En el [[Siglo XVII|XVII formó parte del patrimonio del Presidente de Mesmes; y en el [[Siglo XVIII|XVIII pasó al duque de Orléans. Clichy llega al período revolucionario con poco más de 100 habitantes, que el 6 de enero de 1790 nombrarán su primer Ayuntamiento: Clichy se convierte en municipio. La agitada vida del municipio, salpicada por los conflictos con su poderoso vecino, Livry, se va aletargando, hasta 1814 en que el zar de Rusia Alejandro I, se alojó en un castillo del municipio. También Kellerman, Duque de Valmy, residió en Clichy.
En 1820, el pueblo cuenta escasamente con 150 habitantes. Bajo el reinado de Luis Felipe de Orléans se construye el primer Ayuntamiento-escuela. Durante el Segundo Imperio, los habitantes huyen de sus domicilios, ocupados y saqueados por los prusianos.
En 1912, la ciudad ceunta con 1.434 habitantes; se construye entonces la Escuela del Plateau. Durante la Primera Guerra Mundial, 68 habitantes de esta ciudad mueren. Durante el período de entreguerras desaparecerán los bosques limítrofes, algunos de los cuales, como el de Bondy, dividen en dos un municipio al que el progreso no llega: no hay alcantarillado, no hay recogida de residuos urbanos, no existe prácticamente alumbrado público... Tres empleados municipales, tres peones camineros y cuatro mujeres de limpieza cubren todas las necesidades municipales. En 1934 se construye la primera escuela del Chéne Pointu. La vida sigue siendo rural: no es extraño ver pasar vacas por las calles de la ciudad, ya que aún quedan tres granjas y la ciudad parecería lejana a París si la Torre Eiffel no pudiera verse desde los puntos más elevados de la ciudad.
Tras la ocupación alemana de Clichy durante la Segunda Guerra Mundial, habrá algunos años tranquilos hasta que se empiece la urbanización masiva en 1955. A partir de ese momento, Clichy se va convirtiendo poco a poco en una de las banlieues de París, en las que se van construyendo cités en las que se apelotona la población trabajadora, mucha de la cual es de origen extranjero.
En octubre y noviembre de 2005, se producen disturbios en Clichy-sous-Bois entre jóvenes y fuerzas de orden público. Son el origen de los disturbios que se producirán en Francia a finales del 2005, y que tendrán continuidad en varias ciudades francesas.
