Haguenau se desarrolló desde principios del Siglo XII en torno a la construcción de una cabaña de cazadores para el duque de Suabia y de Alsacia, Federico II de Suabia, padre del fundador del Sacro Imperio, Federico I Barbarroja, quien le otorgó más adelante la carta de derechos en el 1154 y diversos privilegios, a la vez que ordenó la construcción de sus murallas para convertirla en uno de sus lugares de residencia favoritos. En el lugar de la cabaña de cazadores se fundó un palacio, convertido en museo donde se conservan varias de las joyas del patrimonio de la corona del Sacro Imperio Romano Germánico, piezas de la corona imperial, el cetro, y la espada de Carlomagno.

En el 1193, se desarrolló en Haguenau el proceso de Ricardo de Inglaterra Corazón de León acusado de traición, que compareció ante el emperador Enrique IV.[1]

Declarada ciudad libre imperial en el 1255 por Guillermo de Holanda, se incorporó al reino de Francia tras la anexión de la región en el 1648 por el Tratado de Westfalia. Durante la Guerra de los Nueve Años, las tropas imperiales recuperaron la ciudad en 1675, pero en 1677 fue retomada por los franceses y casi toda destruída por el fuego.

En el invierno de 1944-1945, a finales de la Segunda Guerra Mundial, la ciudad fue escenario de violentos enfrentamientos entre las fuerzas aliadas y el ejército del III Reich durante el desarrollo de la Operación Nordwind nombre de la última gran ofensiva de las tropas nazis en el frente occidental. La ciudad, que sufrió el bombardeo cotidiano de la artillería alemana, recibió el nombre de Haguenau la sangrienta[2]