El emperador Alejandro III de Rusia, creyó necesario realizar una vía ferroviaria que conectara la región de Siberia con el resto del país, eso dio comienzo a la construcción del ferrocarril transiberiano.
Se consideró que la vía férrea cruzaría el río Ob cerca de la antigua ciudad Kolyván, pero finalmente se decidió que se construyera un puente en la ciudad Krivoschókovo. Se necesitarían muchos hombres para construir este puente, y eso dio paso al crecimiento del asentamiento de Novonikoláevsk, como era llamada antes la ciudad de Novosibírsk, convirtiéndose en los años siguientes en uno de los pueblos más grandes de la parte asiática de Rusia.
En la primavera de 1897 el puente sobre el río Ob fue abierto al tráfico. En ese tiempo concluyó la construcción de la estación de trenes, los depósitos y los talleres. Después de eso, muchos constructores dejaron el pueblo para construir otros lugares, pero el asentamiento no desapareció, ya que muchas personas venían de los pueblos y aldeas cercanas por la gran cantidad de granos que llegaba por la vía férrea. Gracias al intercambio y florecimiento de nuevos negocios el pueblo se convirtió en una gran ciudad; Novonikoláevsk recibió oficialmente el status de ciudad en diciembre de 1903.
Novonikoláevsk pronto se convirtió en el lugar donde se concentraría el capital bancario. Aunque en 1906 había solo una institución bancaria en la ciudad, el Siberian Bank, en 1915 ya se contaba alrededor de 5 bancos comerciales.
Después de la Revolución de Febrero, Novonikoláevsk tenía un gran centro comercial e industrial, en donde estaban asentadas fábricas de fundición de acero, bancos, empresas de transporte y comerciales, cerca de 7 iglesias ortodoxas, una iglesia católica romana, varios cines, 40 escuelas y una universidad. Es correcto decir que Novonikoláevsk fue el primer pueblo en Rusia que aceptó la educación primaria obligatoria impuesta en 1913.
Novonikoláevsk continuó un seguro y exitoso desarrollo, aun en los trágicos años (1915-1917) que sufrió Rusia. Los negocios, en comparación con las otras ciudades rusas, estaban abastecidos de productos esenciales como pan, carne, granos y grasas. Los mercaderes de Novonikoláevsk, que se volvieron muy ricos por proveer al ejército, pensaban ahora en la construcción de un tranvía para la ciudad.
Los habitantes también discutían sobre la creación de la Casa para Inválidos, y esto se convirtió en algo más interesante que la turbulenta guerra y revolución que azotaba a Rusia. Quizá esa sea la razón por la cual los habitantes aceptaron sin ningún estusiasmo el mensaje sobre los bolcheviques, quienes llegaron al poder en la capital de Rusia.
Sin embargo, la ciudad no estuvo libre del cataclismo social que reinaba en esa época. En mayo de 1918, el pueblo fue capturado por el Ejército Blanco, Novonikoláevsk se convirtió en un importante centro estratégico para el ejército del zar, pero en diciembre de 1919 cayó en manos del Ejército Rojo. La cruel guerra civil trajo terribles epidemias de tifus y cólera, que provocaron la pérdida de muchísimas vidas. Por primera vez en la historia de Novonikolaevsk el número de habitantes decreció considerablemente.
La ciudad revivió en 1921 al comienzo de la nueva política impulsada por el gobierno soviético de Lenin. Desde ahora Novonikoláevsk volvió a convertirse en un importante centro comercial, industrial y de transporte. Los trabajadores que huyeron a las aldeas cercanas durante la guerra civil, volvieron a trabajar en los depósitos y fábricas. Pronto la administración política y regional llegó desde Omsk hasta Novonikoláevsk. En 1925 se formó la vasta Región Siberiana, donde Novonikolaevsk se convirtió en el más importante centro administrativo.
En 1926 la ciudad cambió al nombre con que se la conoce actualmente, Novosibírsk, ya que el nombre antiguo fue puesto en honor al zar. El status de centro administrativo de Siberia influyó mucho en la apariencia de la ciudad. Monumentales edificios empezaron a aparecer en las calles de la ciudad, como la Casa de Lenin, el Palacio del Trabajo, Sibrevkóm (Comité Revolucionario de Siberia), y otros edificios construidos bajo los proyectos de arquitectos siberianos.
En los años de la industrialización durante el mandato de Stalin, la ciudad mutó de un centro comercial hacia el centro industrial de Siberia. Se construyeron muchas fábricas, como plantas procesadoras de metales, una gran central eléctrica, plantas procesadoras de alimento y otras diversas fábricas y plantas industriales. En 1932-1933 cuando una terrible hambruna castigó al centro de Rusia, más de 170.000 refugiados llegaron a Novosibírsk.
En 1957 los tranvías fueron puestos en las calles de la ciudad, en ese año ya había 287.000 habitantes y era un instrumento indispensable para el transporte de la población. Sin embargo, Novosibirsk empezó a tener un complejo arquitectónico integrado sólo después de 1955, cuando fue construido el puente Kommunalny, que cruza el río Ob. Sólo desde entonces la ciudad cambió hacia una total renovación.
El medio ambiente de la ciudad fue cambiando por los asentamientos industriales. A mediados de los años ´50 la estación hidroeléctrica con 400 watts de potencia fue construida al costado de Novosibirsk. Esto causó la creación de un nuevo embalse. Desafortunadamente la estación eléctrica no resolvió el problema de energía, y trajo como consecuencias otros problemas más, como la inundación de tierras fértiles y depredación de varios bosques de pinos.
En 1957 se empezó a construir edificios para albergar un centro científico en una zona alejada del centro de la ciudad, a esta parte a un costado del río Ob, se lo llamó Akademgorodok. Esta nueva parte de la ciudad incluyó 14 centros de investigación, una universidad y edificios públicos. El territorio de Novosibírsk se extendió más y más, la población fue aumentando. Al principio de los años ´60 la ciudad ya contaba con más de un millón de habitantes. En los años subsecuentes se construyeron los centros científicos de la Facultad de Medicina y la Facultad de Agricultura.
Plaza Lenin por detrás el Teatro de Ópera y Ballet
La construcción del metro empezó en 1979. La primera línea fue abierta en 1986. En los años ´90 cuando la crisis económica que afecto a la Unión Soviética paralizó varias ciudades, Novosibirsk siguió desarrollándose. Bancos, mercados, y empresas privadas aparecieron en la ciudad. Tras la caída de la Unión Soviética, Novosibírsk siguió siendo una de las tres primeras ciudades de Rusia. Aun así, no estuvo exenta de las crisis económicas que volvieron a sufrir, esta vez, con el nuevo estado post soviético, la Federación Rusa.
En los primeros años del nuevo milenio, Novosibírsk sigue desarrollándose. Nuevos edificios se construyen, hay varios centros comerciales, artísticos y de entretenimiento. La arquitectura aún conserva el estilo soviético. Se puede observar en los edificios públicos los escudos de la extinta Unión Soviética, los viejos trolebuses por el centro de la ciudad y una línea de tranvía. Pero nuevos edificios, torres y complejos de departamentos van apareciendo con un estilo moderno y europeo, a la vez que se va ampliando los diferentes medios de transporte. A principios del 2005 se empezó a ampliar la estación central de ferrocarriles, ahora contará con otro edificio, que se complementará con el ya existente, y a fines del 2005 se inauguró una nueva estación de metro.
